'돈의 규칙' 바뀐다…제약바이오협회, 회계·세무 대응 해법 제시

개정 기준서·혁신형 제약기업 이슈…재무보고 영향 점검
글로벌 최저한세·생성형 AI 활용…실무 리스크 선제 대응

김민준 기자

kmj6339@megaeconomy.co.kr | 2026-09-14 15:11:34

[메가경제=김민준 기자] 제약바이오기업의 연구개발(R&D)과 기술이전, 해외 사업이 확대되면서 회계·세무 관리도 한층 복잡해지고 있다. 회계기준 개정부터 글로벌 최저한세, 생성형 인공지능(AI) 활용에 따른 내부통제까지 기업들이 챙겨야 할 재무 리스크가 늘어나는 가운데 업계가 실무 대응 방안을 공유한다.

 

한국제약바이오협회는 오는 30일 오후 2시 서울 서초구 협회 대강당에서 ‘2026년 제약바이오 회계 이슈 및 대응 전략 세미나’를 개최한다고 14일 밝혔다.

 

▲ 한국제약바이오협회 전경. [사진=한국제약바이오협회 전경]

 

이번 세미나는 일반 산업과 다른 제약바이오기업의 사업 구조에서 발생할 수 있는 회계·세무 쟁점을 중심으로 진행된다.

 

제약바이오산업은 신약 개발 과정에서 대규모 R&D 비용이 발생하고 기술이전과 라이선스 계약, 해외 법인 운영 등 거래 구조도 복잡하다. 여기에 최근 회계기준과 국제 조세제도까지 변화하면서 재무보고와 세무 관리 과정에서 기업들이 고려해야 할 변수도 늘어나고 있다.

 

첫 번째 세션에서는 삼정KPMG 박상훈 전무와 노영일 상무가 최근 주요 회계 이슈와 개정 기준서를 짚는다. 개정되거나 시행을 앞둔 회계기준이 제약바이오기업의 재무보고와 회계처리에 미칠 영향과 실무상 유의사항을 다룰 예정이다.

 

혁신형 제약기업 인증을 비롯한 정책·시장 환경 변화가 기업 경영과 투자에 미치는 영향도 살펴본다. 회계업무에 빠르게 확산되고 있는 생성형 AI도 주요 주제다. AI를 활용한 데이터 분석과 업무 효율화 가능성과 함께 기업 내부통제와 데이터 신뢰성 등 실제 도입 과정에서 발생할 수 있는 관리 이슈를 논의한다.

 

두 번째 세션에서는 해외 사업을 확대하는 제약바이오기업이 주목해야 할 국제조세 문제가 집중적으로 다뤄진다. 삼정KPMG 최은영·강성원 전무는 글로벌 최저한세의 적용 구조와 신고 의무를 설명하고 기업들이 해외 사업 과정에서 점검해야 할 세금 신고·납부 사항을 소개한다. 

 

글로벌 최저한세는 일정 요건을 충족하는 다국적기업이 사업 국가와 관계없이 최소 15% 수준의 세금을 부담하도록 하는 국제조세 제도다. 해외 법인과 사업 거점을 확대하는 기업에는 새로운 세무 관리 변수로 작용할 수 있다.

 

R&D와 기술이전, 의약품 거래 등 제약바이오산업 특유의 세무 쟁점과 관련한 최근 예규·판례도 분석한다. 기업들이 실제 거래 과정에서 참고할 수 있는 세무상 유의사항과 대응 방향을 제시할 예정이다.

 

한국제약바이오협회 관계자는 “제약바이오산업은 연구개발과 기술이전, 해외 진출 등 사업 특성상 다양한 회계·세무 이슈가 발생할 수 있다”며 “최근 제도 변화를 기업들이 사전에 파악하고 관련 리스크를 관리하는 데 도움이 될 수 있도록 실무 정보를 지속적으로 제공할 계획”이라고 말했다.

 

이어 “협회와 식약처는 앞으로도 산업계와 규제기관 간 소통을 강화하고, 국제적인 GMP 규제조화 흐름에 대응할 수 있도록 최신 규제동향과 GMP 이행기술을 지속적으로 공유해 나갈 계획이다”고 덧붙였다.

 

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