최종편 이야기가 후반부로 접어드는 가운데, 이번 스토리에서는 상공에 떠있는 ‘아트라하시스의 방주’를 공략하기 위해 손을 잡은 학생들과 선생님의 이야기가 전개된다. 

신규 학생 ‘토키’와 ‘나기사’도 만나볼 수 있다. 먼저, ‘밀레니엄 사이언스 스쿨’ 소속 폭발 타입 스트라이커 ‘토키’는 ‘EX 스킬’ 사용 시 공격력, 명중 수치, 회피 수치가 상승하는 ‘아비 에슈흐 모드’로 전환 후, 직선 범위 내 적에게 공격력에 비례한 대미지를 총 3차례 가하며, 대미지는 적의 방어력을 60% 무시한다. ‘나기사’는 ‘트리니티 종합학원’ 소속 폭발 타입 스페셜 학생으로, 원형 범위 내 적에게 공격력에 비례한 대미지를 가하며, 대상이 ‘경장갑’이면 공격 전 15초간 방어력을 감소시키는 ‘EX 스킬’을 구사한다.

이 외 레이드 콘텐츠 ‘총력전’의 최상위 난이도 ‘토먼트’를 업데이트하고, 9월 5일 3시 59분까지 각종 콘텐츠 보상을 2배로 획득할 수 있는 ‘2배 캠페인’을 진행한다.

메인 스토리 1부 최종편 3장 ‘아트라하시스의 방주 점령전’ 업데이트에 대한 더 자세한 내용은 최종편 특별 페이지에서 확인할 수 있다.