중기부·국세청, AI 스타트업 2559개사 지원…창업 5년내 정기 세무조사 면제
R&D·정책금융·해외진출 등 20개 육성 사업에 국세청 세정 혜택 원스톱 결합
일반 AI 중소기업 최장 3년 세무조사 유예…환급금 조기 지급·납기 연장 단행
이소영 장관·임광현 청장 “초기 데스밸리 극복 돕는 실질적 부처 협업 모델 안착”
박성태 기자
pst2622@naver.com | 2026-10-11 14:24:19
[메가경제=박성태 기자] 정부가 미래 국가 전략산업의 핵심 축인 인공지능(AI) 유망 중소·스타트업 2500여 곳을 대상으로 정책 자금과 R&D 지원, 파격적인 세무 부담 완화를 한데 묶은 범정부 패키지 지원에 나선다.
중소벤처기업부와 국세청은 미래 AI 산업을 선도할 유망 AI 중소·스타트업 2559개사를 선정하고, 양 기관의 행정 역량을 결집한 '부처 협업 성장지원 모델'을 가동한다고 11일 밝혔다.
이번 조치는 2025년 12월 체결된 'AI 중소·스타트업 성장지원을 위한 업무협약'의 후속 실행 조치다. 기술 혁신 가능성을 인정받은 기업에 중기부가 기술개발(R&D), 사업화, 정책금융, 글로벌 시장 진출 등을 맞춤형으로 공급하고, 국세청이 강력한 세정 인센티브를 연계해 뒷받침하는 구조다.
중기부는 올해 AI 모델·서비스 개발, 산업 현장 AI 전환(AX) 등 기업 성장 단계별로 설계된 20개 지원사업을 통해 대상 기업 2559곳을 엄선해 국세청에 전달했다. 지원 대상 사업에는 ▲AI 응용제품 상용화, ▲AI·AX 우대보증, ▲스마트공장 보급, ▲딥테크 팁스(TIPS) 창업 패키지, ▲글로벌 액셀러레이팅 프로그램 등이 총망라됐다.
국세청은 중기부의 명단을 토대로 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지 약 1년 5개월간 파격적인 세정 지원을 펼친다.
가장 눈에 띄는 대목은 기업의 경영 불안 요인을 선제 차단하는 '세무검증 최소화'다. 창업 5년 이내의 AI 스타트업은 정기 세무조사 대상 선정에서 전면 배제된다. 창업 5년을 초과한 일반 AI 중소기업 역시 납세자 신청에 따라 착수 예정일로부터 수도권 소재 기업은 2년, 지방 소재 기업은 최대 3년까지 정기 조사가 유예된다. 명백한 탈루 혐의가 없는 한 서면으로 장부를 대조하는 '신고내용 확인' 대상에서도 제외된다.
유동성 확보를 위한 재정적 지원책도 일제히 가동된다. 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅 신청을 최우선으로 심사해 세제 혜택의 불확실성을 없앤다. 경영난을 겪는 기업에는 납부기한 연장, 납세담보 면제, 압류·매각 유예 조치를 시행하며, 법인세·부가가치세 환급금 조기 지급과 경정청구 우선 처리 등을 통해 현금 흐름을 밀착 지원한다. 홈택스 내 전용 상담 채널 및 전국 세무서 법인세과 전용 창구도 신설된다.
AI 산업은 초기 알고리즘 개발과 고성능 그래픽처리장치(GPU) 인프라 구축, 핵심 인재 영입 등에 막대한 자본이 선투입되는 반면, 실제 유의미한 현금 흐름이 발생하기까지 상당한 시차가 존재하는 대표적인 고위험·고수익 분야다. 초기 단계에서 빈번한 세무 검증이나 자금 경색으로 인해 기술 상용화의 '죽음의 계곡(데스밸리)'을 넘지 못하고 좌초하는 사례가 많았다.
산업계에서는 그간 개별 부처별로 쪼개져 공급되던 보조금과 세제 혜택이 단일 트랙으로 연동됨에 따라 기업 행정 비용이 크게 절감되고 R&D 몰입도가 제고될 것으로 기대하고 있다.
이소영 중기부 장관은 “글로벌 AI 패권 전쟁의 승패는 창의적 기술을 품은 스타트업이 얼마나 속도감 있게 성장 사다리를 타고 올라가느냐에 달려 있다”며 “중기부의 R&D·금융·수출 지원과 국세청의 세정 혜택을 유기적으로 결합해 우리 AI 기업들이 오직 기술 혁신과 스케일업에 전념할 수 있는 환경을 만들겠다”고 밝혔다.
임광현 국세청장은 “AI 유망 기업들이 성장통을 겪는 과정에서 세무상 불확실성과 유동성 위기에 직면하지 않도록 돕는 것이 조세 행정의 역할”이라며 “현장의 경영 애로를 기민하게 반영해 실효성 있는 세정 지원을 빈틈없이 이어가겠다”고 말했다.
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